Research data management publications

D. von Suchodoletz, P. Brettschneider, J. Apel, E. Böker, D. Iglezakis, K. Schmidt und G. Schneider, „Leitfaden – Verantwortungsvoller Umgang mit Forschungsdaten,“ Zenodo, 2021. https://doi.org/10.5281/zenodo.5410396

E. Böker, D. von Suchodoletz, P. Brettschneider und F. Rapp, „Entwicklung in Baden-Württemberg: ORCID Und ROR IDs Als Standard für Langfristige Personen- und Institutionen-Identifier,“ Bausteine Forschungsdatenmanagement, 2020. https://doi.org/10.17192/bfdm.2020.2.8272

D. von Suchodoletz, P. Brettschneider, A. Axtmann, M. Heber, L. Oberländer, J. Leendertse, I. Schumm, O. Brandt, K. Schmidt und L. Gertis, „Nachhaltiger Umgang mit Forschungssoftware als Baustein eines ganzheitlichen Verständnisses von Forschungsdatenmanagement. Stellungnahme: Sicherstellung der Reproduzierbarkeit von Forschungsergebnissen durch Bewahrung von Forschungssoftware,“ In preparation.

P. Brettschneider, A. Axtmann, E. Böker und D. von Suchodoletz, „Offene Lizenzen für Forschungsdaten,“ O-Bib. Das Offene Bibliotheksjournal, Bd. 8, Nr. 3, pp. 1-22, 2021. https://doi.org/10.5282/o-bib/5749

H. Gauza, F. Bach, D. Terzijska, P. Krauß , T. Bönisch, N. Buck, J. Hess, A. Holz, K. Jung, A. Kaminski, R. Kamzelak, H. W. Kramski, J. Kuhn, V. Kushnarenko, B. Schembera, C.-M. Schlesinger, M. Ulrich, G. Viehhauser, J. Leendertse, D. von Suchodoletz, J. Bauer, M. Landwehr, G. Schneider, L. Steeb und I. Schumm, „Kriterien für die Auswahl einer Softwarelösung für den Betrieb eines Repositoriums für Forschungsdaten,“ Bausteine Forschungsdatenmanagement, Bd. 3, 2021. https://doi.org/10.17192/bfdm.2021.3.8348

Infrastructure publications

P. Ewels, A. Peltzer, S. Fillinger, H. Patel, A. W. Alneberg, M. U. Garcia, P. D. Tommaso und S. Nahnsen, „The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines,“ Nat Biotechnol, March 2020. https://doi.org/10.1038/s41587-020-0439-x

S. Krakau, D. Straub, H. Gourlé, G. Gabernet und S. Nahnsen, „nf-core/mag: a best-practice pipeline for metagenome hybrid assembly and binning,“ NAR Genomics and Bioinformatics, Bd. 4, Nr. 1, 2022. https://doi.org/10.1093/nargab/lqac007

L. K. Cuellar, A. Friedrich, G. Gabernet, L. de la Garza, S. Fillinger, A. Seyboldt, S. zur Oven-Krockhaus, F. Wanke, S. Richter, W. M. Thaiss, M. Horger, N. Malek, H. Klaus , M. Bitzer und S. Nahnsen, „A data managemet infrastructure for the integration of imaging and omics data in life sciences,“ BMC Bioinformatics, 2022. https://doi.org/10.1186/s12859-022-04584-3

H. Gauza, J. Werner, T. J. Zajac, F. Wannenmacher und J. Krüger, „HUBzero als open-source Science Gateway im Rahmen des Science Data Centers BioDATEN,“ in E-Science-Tage 2021, submitted.

Data and scientific publications

D. Straub, N. Blackwell, A. Langarica-Fuentes, A. Peltzer, S. Nahnsen und S. Kleindienst, „Interpretations of Environmental Microbial Community Studies Are Biased by the Selected 16S rRNA (Gene) Amplicon Sequencing Pipeline,“ Frontiers in Microbiology, 2020. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.550420

O. Brandt, H. Gauza, S. Kaminski, M. Trojan und T. Trippel, „Extending the CMDI Universe: Metadata for Bioinformatics Data,“ in Proceedings of CLARIN Annual Conference 2020, 2020.

R. C. Müller, N. Mallig, J. Smith, L. Eöery, R. I. Kuo und R. H. S. Kraus, „Avian Immunome DB: an example of a user‑friendly interface for extracting genetic information,“ BMC Bioinformatics, 2020.

M. Miladi, J. Fuchs, W. Maier, S. Weigang, N. Díaz I Pedrosa, L. Weiss, A. Lother, A. Nekrutenko, Z. Ruzsics, M. Panning, G. Kochs, R. Gilsbach und B. Grüning, „The landscape of SARS-CoV-2 RNA modifications“.Pre-print.

L. L. Bohlender, J. Parsons, S. N. W. Hoernstein, C. Rempfer, N. Ruiz-Molina, T. Lorenz, J. F. Rodríguez, R. Figl, B. Fode, F. Benjamin , R. Reski und E. L. Decker, „Stable Protein Sialylation in Physcomitrella,“ Frontiers in Plant Science, 2020.

R. C. Müller, P. Ellström, K. Howe, M. Uliano-Silva, R. I. Kuo, K. Miedzinska, A. Warr, O. Fedrigo, B. Haase, J. Mountcastle, W. Chow, J. Torrance, J. M. D. Wood, J. D. Järnhult, M. M. Naguib, B. Olsen, E. D. Jarvis, J. Smith, L. Eöry und R. H. S. Kraus, „A high-quality genome and comparison of short- versus long-read transcriptome of the palaearctic duck Aythya fuligula (tufted duck),“ GigaScience, Bd. 10, Nr. 12, Dezember 2021. https://doi.org/10.1093/gigascience/giab081