Research data management publications

2020

E. Böker, D. von Suchodoletz, P. Brettschneider und F. Rapp, „Entwicklung in Baden-Württemberg: ORCID Und ROR IDs Als Standard für Langfristige Personen- und Institutionen-Identifier,“ Bausteine Forschungsdatenmanagement, 2020. https://doi.org/10.17192/bfdm.2020.2.8272

2021

D. von Suchodoletz, P. Brettschneider, J. Apel, E. Böker, D. Iglezakis, K. Schmidt und G. Schneider, „Leitfaden – Verantwortungsvoller Umgang mit Forschungsdaten,“ Zenodo, 2021. https://doi.org/10.5281/zenodo.5410396

P. Brettschneider, A. Axtmann, E. Böker und D. von Suchodoletz, „Offene Lizenzen für Forschungsdaten,“ O-Bib. Das Offene Bibliotheksjournal, Bd. 8, Nr. 3, pp. 1-22, 2021. https://doi.org/10.5282/o-bib/5749

H. Gauza, F. Bach, D. Terzijska, P. Krauß , T. Bönisch, N. Buck, J. Hess, A. Holz, K. Jung, A. Kaminski, R. Kamzelak, H. W. Kramski, J. Kuhn, V. Kushnarenko, B. Schembera, C.-M. Schlesinger, M. Ulrich, G. Viehhauser, J. Leendertse, D. von Suchodoletz, J. Bauer, M. Landwehr, G. Schneider, L. Steeb und I. Schumm, „Kriterien für die Auswahl einer Softwarelösung für den Betrieb eines Repositoriums für Forschungsdaten,“ Bausteine Forschungsdatenmanagement, Bd. 3, 2021. https://doi.org/10.17192/bfdm.2021.3.8348

2022

D. von Suchodoletz, J. Leendertse, S. Semaan, K. Rechert, R. Gieschke, B. Goldammer und D. Tolkatsch. "Developing a holistic research data management strategy for a university," Proceedings of iPRES 2021, 2022. https://doi.org/10.17605/OSF.IO/ACNSR 

2023

D. von Suchodoletz, P. Brettschneider, A. Axtmann, M. Heber, L. Oberländer, J. Leendertse, I. Schumm, O. Brandt, K. Schmidt und L. Gertis, M. Selzer, R. Ulrich, D. Iglezakis, V. Boda. „Sicherstellung der Reproduzierbarkeit von Forschungsergebnissen durch Bewahrung des Zugriffs auf Forschungssoftware,“ Bausteine Forschungsdatenmanagement, (5), 1–13. https://doi.org/10.17192/bfdm.2023.5.8555

D. von Suchodoletz, J. Bauer, M. Tschöpe, H. Gauza, M. Derntl, S. Kaminsky. "Herausforderungen beim Aufbau eines föderierten Datenrepositoriums auf Basis von InvenioRDM," in E-Science-Tage 2023: Empower Your Research - Preserver Your Data, 2023. https://doi.org/10.11588/heibooks.1288.c18069

Infrastructure publications

2020

P. Ewels, A. Peltzer, S. Fillinger, H. Patel, A. W. Alneberg, M. U. Garcia, P. D. Tommaso und S. Nahnsen, „The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines,“ Nat Biotechnol, March 2020. https://doi.org/10.1038/s41587-020-0439-x

2022

S. Krakau, D. Straub, H. Gourlé, G. Gabernet und S. Nahnsen, „nf-core/mag: a best-practice pipeline for metagenome hybrid assembly and binning,“ NAR Genomics and Bioinformatics, Bd. 4, Nr. 1, 2022. https://doi.org/10.1093/nargab/lqac007

L. K. Cuellar, A. Friedrich, G. Gabernet, L. de la Garza, S. Fillinger, A. Seyboldt, S. zur Oven-Krockhaus, F. Wanke, S. Richter, W. M. Thaiss, M. Horger, N. Malek, H. Klaus , M. Bitzer und S. Nahnsen, „A data managemet infrastructure for the integration of imaging and omics data in life sciences,“ BMC Bioinformatics, 2022. https://doi.org/10.1186/s12859-022-04584-3

H. Gauza, J. Werner, T. J. Zajac, F. Wannenmacher und J. Krüger, „HUBzero als open-source Science Gateway im Rahmen des Science Data Centers BioDATEN“, in E-Science-Tage 2021: Share Your Research Data, 2022. https://doi.org/10.11588/heibooks.979.c13749.

D. von Suchodoletz, U. Hahn, J. Bauer, K. Glogowski und M. Seifert. "Storage for Science -- Aktueller Stand und anstehende Entwicklungen eines verteilten FDM-Systems", in E-Science-Tage 2021: Share Your Research Data, 2022.  https://doi.org/10.11588/heibooks.979.c13741

2023

H. Gauza, S. Kaminski, J. Krüger, F. Paz, H. Saker, F. Wannenmacher, J. Werner, T. Zajac, O. Brandt und J. Kaltenbach. "Distributed but Integrated: Forming a Science Gateway from Multiple Parts," in 14th International Workshop on Science Gateways (IWSG 2022), 2023. https://doi.org/10.5281/zenodo.7883191

O. Brandt, H. Gauza, J. Kaltenbach, M. E. Müller, G. Schneider, C. Zinn. "Ein Werkzeug zur XSD-basierten Metadatenannotation," in E-Science-Tage 2023: Empower Your Research - Preserver Your Data, 2023. https://doi.org/10.11588/heibooks.1288.c18088  

2024

O. Brandt, H. Gauza, J. Kaltenbach, M. E. Müller, G. Schneider, C. Zinn. "A Minimal Metadata Schema and Its Tool to Improve the Searchableness of Research Data in Bioinformatics,"  Journal of Library Metadata, 2024, 1–24. https://doi.org/10.1080/19386389.2024.2338314

Data and scientific publications

2020

D. Straub, N. Blackwell, A. Langarica-Fuentes, A. Peltzer, S. Nahnsen und S. Kleindienst, „Interpretations of Environmental Microbial Community Studies Are Biased by the Selected 16S rRNA (Gene) Amplicon Sequencing Pipeline,“ Frontiers in Microbiology, 2020. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.550420

O. Brandt, H. Gauza, S. Kaminski, M. Trojan und T. Trippel, „Extending the CMDI Universe: Metadata for Bioinformatics Data,“ in Proceedings of CLARIN Annual Conference 2020, 2020.

R. C. Müller, N. Mallig, J. Smith, L. Eöery, R. I. Kuo und R. H. S. Kraus, „Avian Immunome DB: an example of a user‑friendly interface for extracting genetic information,“ BMC Bioinformatics, 2020.

M. Miladi, J. Fuchs, W. Maier, S. Weigang, N. Díaz I Pedrosa, L. Weiss, A. Lother, A. Nekrutenko, Z. Ruzsics, M. Panning, G. Kochs, R. Gilsbach und B. Grüning, „The landscape of SARS-CoV-2 RNA modifications“.Pre-print, https://doi.org/10.1101/2020.07.18.204362

L. L. Bohlender, J. Parsons, S. N. W. Hoernstein, C. Rempfer, N. Ruiz-Molina, T. Lorenz, J. F. Rodríguez, R. Figl, B. Fode, F. Benjamin , R. Reski und E. L. Decker, „Stable Protein Sialylation in Physcomitrella,“ Frontiers in Plant Science, 2020.

2021

R. C. Müller, P. Ellström, K. Howe, M. Uliano-Silva, R. I. Kuo, K. Miedzinska, A. Warr, O. Fedrigo, B. Haase, J. Mountcastle, W. Chow, J. Torrance, J. M. D. Wood, J. D. Järnhult, M. M. Naguib, B. Olsen, E. D. Jarvis, J. Smith, L. Eöry und R. H. S. Kraus, „A high-quality genome and comparison of short- versus long-read transcriptome of the palaearctic duck Aythya fuligula (tufted duck),“ GigaScience, Bd. 10, Nr. 12, Dezember 2021. https://doi.org/10.1093/gigascience/giab081

Source code

C. Zinn et all. "BioDATEN-Minimalschema," GitHub repository, https://github.com/ubtue/BioDATEN-Minimalschema 

J. Kaltenbach et all. "BioDATEN-Metadata-Annotation-Backend," GitHub repository, https://github.com/ubtue/BioDATEN-Metadata-Annotation-Backend

J. Kaltenbach et all. "BioDATEN-Metadata-Annotation-Tool," GitHub repository, https://github.com/ubtue/BioDATEN-Metadata-Annotation-Tool

J. Kaltenbach et all. "BioDATEN-Metadata-XSLT-Processor," GitHub repository, https://github.com/ubtue/BioDATEN-Metadata-XSLT-Processor